酵母菌属于真核生物。它们是单细胞真菌，具有典型的真核细胞结构，包括由核被膜、染色质、核仁和核基质组成的细胞核。真核细胞的染色体数在一个以上，能够进行有丝分裂，并且拥有一系列复杂的细胞器，如线粒体和叶绿体等。酵母菌的细胞膜由磷脂双分子层构成，中间嵌有甾醇和蛋白质，这也是真核细胞膜的特征。
与原核生物相比，真核生物的细胞核有核膜包被，而原核生物的细胞核没有核膜，称为拟核，且除了核糖体之外没有其他的细胞器。酵母菌的细胞结构和功能与原核生物有显著区别，因此可以明确地将酵母菌归类为真核生物。酵母菌在自然界中广泛存在，与人类生活密切相关，如在酿造、食品、医药工业等方面有着重要应用。