iCloud文件莫名其妙消失可能是由以下原因导致的：
1. iCloud账户问题：您的iCloud账户可能发生了问题，导致无法访问iCloud中的文件。尝试重新登录iCloud账户或者联系苹果客服寻求帮助。
2. iCloud存储空间满：您的iCloud存储空间可能已经满了，导致部分或全部文件无法同步到iCloud上。可以通过清理iCloud中的一些无用文件或者升级iCloud存储空间来解决。
3. 电脑iCloud照片同步功能未开启：如果您的电脑上iCloud照片同步功能未开启，可以进入系统偏好设置，点击iCloud，选择照片，然后勾选“iCloud照片库”选项。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果客服或者前往苹果授权维修点寻求帮助。 另外，如果您的iPhone设备之前有使用iTunes备份过，可以通过恢复备份来找回丢失的照片。