全职猎人旧版和新版在多个方面有所不同：
1. 制作方面：旧版是1999年出品，制作方面更带有那个时代特有的画质和风格。新版在制作方面更符合现在审美，画面更加精良，颜色更加鲜艳。
2. 剧情方面：旧版有猎人考试篇、友克鑫市篇、揍敌客家族篇、天空竞技场篇、贪婪之岛篇等。新版在旧版基础上增加了嵌合蚁篇、会长选举篇。旧版的剧情更加全面，虽然有少部分原创剧情，但更忠实原著漫画剧情。新版剧情去掉了很多次要情节，使得整体剧情更紧凑，更加吸引人。
3. 节奏和镜头感：新版的镜头感和节奏感被认为更好，虽然旧版也有其独特的阴沉氛围和刺激性的暴力场景，但新版的剧情整合和完成度被认为更优秀。
4. 人物线条：新版的人物线条较旧版简化，但整体品质而言，新版也是大胜。
5. 音乐和配音：旧版的背景音乐和配音被认为更加出色，能够更好地调动观众的情感。
总的来说，旧版和新版各有其优点，喜欢哪个版本更多取决于个人的喜好和对剧情、画面、音乐等元素的偏好。