学习通中签到迟到会扣分。系统默认的是扣5分。但具体的扣分情况取决于老师的设置。签到迟到不一定会导致挂科，因为签到分数只是总分的一部分。如果两次没签到，最后成绩会扣分，扣十分。需要注意的是，不签到就不能获得相应的分数，相当于扣分。如果签到后断线，当天可以补签，如果当天没补签，就算缺席。