在我的世界宝可梦中，修改神兽刷新时间的方法如下：
1. 点击游戏中的“mod”选项，然后在左侧找到“pixelmon”选项，点击“config”按钮。在这里，你可以设置所有宝可梦的生成时间和概率。默认情况下，神兽的生成时间是20分钟，概率是30%。
2. 如果你想让神兽每5分钟出现一次，将生成时间设置为6000，概率设置为1。这样每次游戏开始5分钟后，就会有一只神兽出现。
另外，你还可以在指令界面内输入指令"morespawns"，然后按回车键，再输入想要更改的时间点击确定。