执业医师资格证的注册流程如下：
1. 首先，申请人需要在网上进行注册，完成后等待单位审核。
2. 审核通过后，进行信息确认，然后提交纸质材料去卫健委办理资格证书。
3. 办理资格证书时，需要递交以下材料：《医师注册申请表》两份，医师资格证原件及复印件，身份证原件及复印件，二甲医院以上的体检证明原件，医疗机构聘书（一般为合同复印件），2寸免冠照3张（申请表上两张，收一张），医疗机构执业证。
需要注意的是，执业医师注册的审核期限为30个工作日，如果审核合格，予以注册，发给《医师执业证书》。