公安机关办理刑事案件的程序主要包括以下几个步骤：
1. 立案：公安机关在接到报案、控告、举报等材料后，应当立即审查，如果确认存在犯罪事实需要追究刑事责任的，应当立案。
2. 侦查：公安机关在立案后，应当进行侦查，收集证据，讯问犯罪嫌疑人，询问证人、被害人，进行勘验、检查，搜查，查封、扣押，查询、冻结，鉴定，辨认，技术侦查，通缉等。
3. 制作起诉意见书报送检察机关审查起诉：公安机关在侦查终结后，应当写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
4. 补充侦查：如果检察机关退回补充侦查的，公安机关还需要继续补充侦查。
需要注意的是，公安机关在侦查过程中，如果发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民检察院。