未办理施工许可证擅自施工的处罚主要包括以下两点：
1. 责令改正：有关行政主管部门应责令建设单位改正，即要求建设单位立即补办取得施工许可证或开工报告的有关批准手续。
2. 罚款：根据《建筑法》第六十四条的规定，未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，可以处以罚款。
需要注意的是，工程投资额在30万元以下，或者建筑面积在300平方米以下的建筑工程，可以不申请办理施工许可证。