摩托车改装排气管在大多数情况下是违法的，因为改装车辆的主要性能参数和明显识别特征都属于违法行为。
根据《机动车登记规定》第五十六条，重型、中型载货汽车及其挂车的车身或者车厢后部未按照规定喷涂放大的牌号或者放大的牌号不清晰的；机动车喷涂、粘贴标识或者车身广告，影响安全驾驶的；载货汽车、挂车未按照规定安装侧面及后下部防护装置、粘贴车身反光标识的；机动车未按照规定期限进行安全技术检验的等情况，由公安机关交通管理部门处警告或者二百元以下罚款。
如果真的需要对车辆进行改装，可以在不影响整体结构的情况下，去办理上户手续的车管所办理申请变更手续。