违反合同的违约金的扣除标准一般是不得超过合同金额的百分之三十。具体规定如下：
1. 合同违约金的法律规定一般是不超过合同金额的百分之三十，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
2. 约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
此外，合同违约金基于合同未按约定实现或者未实现，包括合同双方约定的罚则，属于生产经营相关支出，可以税前扣除。同时，对于未按约定履行，包括延期以及由于履行质量产生的折让等，主张违约金一方会产生流转税的应税事项。但是，因违反法律、行政法规而支付的罚款、罚金、滞纳金不得在税前进行扣除。