南京共有107家博物馆。
其中，南京市博物总馆下面有5家博物馆和2家纪念馆，分别是：南京市博物馆、太平天国历史博物馆、中国共产党代表团梅园新村纪念馆、南京市民俗博物馆、渡江胜利纪念馆、江宁织造博物馆、六朝博物馆。
此外，南京还有南京市考古研究所和南京市文化遗产保护研究所。