个体工商户与小微企业的主要区别如下：
1. 名称：个体工商户通常使用个人姓名或宾馆、餐馆等名称，而小微企业通常使用有限公司或有限责任公司等名称。
2. 办理三证合一的难易程度：个体工商户办理手续相对简单，而小微企业手续较复杂，有更多要求和资料。
3. 征收方式：个体工商户可以定期定额征收，而小微企业没有定期定额征收，账务不清时采用查账征收。
4. 税种：两者都需要缴纳增值税及其附加税费，但个体工商户缴纳个人所得税，小微企业缴纳企业所得税。小微企业享受企业所得税税收优惠。
5. 经营范围：个体户不能进行进出口业务、存储危险化学品等业务，而小微企业在满足相应条件下可以进行这些业务。
6. 组织形式：个体户实质上是自然人组织，自然人为自己的经营承担无限责任；小微企业属于法人组织，股东以其出资额为限，对公司债务承担有限责任。
7. 发展：小微企业可以上市、开连锁店，而个体户不能上市。