三方协议书违约办理流程如下：
1. 首先，与原签协议单位进行沟通，取得书面同意的解约函（盖单位公章）。
2. 其次，向本学院提出书面申请，阐明解约理由，并附上单位解约函、原《就业协议书》，负责毕业生就业的副书记签署意见并签字、盖章后交学生处就业指导中心。
3. 学生处就业指导中心根据有关规定审批发换新的《就业协议书》。
4. 最后，毕业生领取新协议后到学院备案。
需要注意的是，如果企业违约，需要企业本身进行赔款，赔款金额在三方协议中有约定，一般情况为3000元，也有企业为5000元，不同情况不同处理方式。