排污许可证的登记时间分为以下几个阶段：
1. 对于已经建成并实际排污的排污单位，原则上应于2020年9月30日前申请并取得排污许可证或登记。
2. 在2020年9月30日后建成的排污单位，应在启动生产设施或者在实际排污之前申请并取得排污许可证或登记。
需要注意的是，对于超过时限仍未按规定办理以上手续的排污单位，生态环境部门将依法对其进行查处。