部队医院的编制主要分为五个级别：副军级、正师级、副师级、正团级和副团级。
1. 副军级医院：副军级医院中最高的是中国人民解放军总医院，也被称为解放军301医院。这家医院在2016年的军事改革前是正军级单位，归属于解放军总后勤部。军改后，解放军总医院并入了其他部队医院，成为了新的解放军总医院，规模显著扩大。
2. 正师级医院：正师级医院共有13所，分为三个序列。第一个序列包括五大战区的总医院；第二个序列是新疆和西藏军区的总医院；第三个序列由陆军、海军、空军、火箭军、战略支援部队和武警部队的特色医学中心构成。
3. 副师级医院：副师级医院共有13个，分为两个序列。第一个序列包括陆军、海军和空军军医大学附属的8所医院；第二个序列则是联勤保障部队管辖的5所医院，包括解放军第900、920、940、960、980医院。
4. 正团级医院：正团级医院数量众多，占据了部队医院的大部分。这些医院包括联勤保障部队管辖的多数医院、陆军各集团军医院、五个战区空军医院以及海军三大舰队医院。值得注意的是，各战区陆军并无附属医院。