锦鲤起源于中国，最早的观赏鲤鱼记载可以追溯到1000多年前。孔子时期，鲁昭公赏赐孔子一条红色的大鲤鱼，这被认为是颜色鲤鱼的最早记载。到了唐朝，陆龟蒙的《奉酬袭美苦雨》中首次出现了锦鲤的名称，这也是现今世界上最早的锦鲤名称使用记录。宋代时，观赏鱼开始从野生转为人工饲养，金鱼和锦鲤已经被单独饲养，但锦鲤不如金鱼观赏价值高。
锦鲤的名起源于日本，但作为观赏鲤鱼其实缘于中国。在日本720年《日本书纪》中也有景行天皇于美浓国宫的池里养鲤的记载。200多年前，日本越后地方（今日新泻县）开始饲养鲤鱼，后来部分鲤鱼发生变异，鱼体出现绯色或浅黄色。现代日本人悉心培育锦鲤达到极其热衷的程度，许多优良品种都是日本培育出来的，如红白、大正三色、昭和三色等。目前锦鲤已达十三个大类119个品种。