《斩赤红之瞳》的结局是玛茵和塔兹米最终在一起，过上了幸福的生活。在经历了内战后，国家开始了重建，一点点的恢复了生机。然而，夜魇的成员们为国家改革所作出的贡献并没有现在历史当中，新国家编写的史书中只是将夜魇部队称为威震帝都的犯罪组织。
此外，赤瞳和妹妹黑瞳进行了告别，赤瞳告别了所有人后自己踏上了新的旅途。塔兹米在完全龙化后请求赤瞳趁自己意识尚未被吞噬时杀掉自己，赤瞳直接给了塔兹米一刀。而蕾欧娜在处决完大臣后和赤瞳告别，在酒馆痛苦喝一场后，最终却孤独的去世了。
这个结局相对于之前的动画全灭的大结局，是一个比较不错的结局，让人满意。