现代中国人的祖先主要是东欧亚人，他们大约在9500年前分化成了东亚古北方人群和东亚古南方人群。
这些人群在新石器时代以来发生了多次大规模的人群迁徙，其中东亚古北方人群中的O2A基因人群在1.3万年前的末次冰期时，为了躲避严寒，从腾格里沙漠一带迁入陕甘交界处，形成大地湾文化，后来又演变为仰韶文化，经过扩张迁徙发展，形成汉藏族群。
此外，和平文化人群、日本绳纹人、青藏高原古人群、北欧亚人也对中国人基因有显著影响。北欧亚人主要对蒙古族、维吾尔族、哈萨克族、藏族的基因有贡献。
总的来说，现代中国人的祖先是非洲晚期智人的直系后裔，主要是东欧亚人的后裔，他们大约在6万年前离开非洲，经过欧洲，分散到世界各地，其中一部分穿过东南亚，来到了中国，另一部分从东亚进入中国。