南京二套房的首付比例根据贷款类型和房产面积有所不同：
1. 公积金贷款：如果家庭已有一套住房建筑面积不超过120平方米且人均不超过40平方米，再次购房申请公积金贷款时，首付款金额不得低于购房总价的20％。如果已使用过一次住房公积金贷款并已结清购房贷款，建筑面积在144㎡以下的首付款比例不低于20％；建筑面积在144㎡以上的首付款比例不低于30％。
2. 商业贷款：对于无房有贷、有房无贷的居民家庭，首付比例下调至最低30%；有房且贷款未结清的居民家庭首付比例降至最低60%。
需要注意的是，具体的首付比例可能会根据政策和贷款机构的规定有所变化，建议在购买房产时向办理住房商业贷款业务的商业银行咨询。