复旦附中共有14个班，分为四大学院：
1. 家桢学院：包括1-4班，主要培养理工生科创方向的理科综合人才。
2. 望道学院：包括5-7班，主要培养人文方向的人文综合人才。
3. 步青学院：包括9-11班，主要培养数学、理化竞赛方向的文理复合型人才。
4. 希德学院：包括12-14班，主要培养英语、计算机方向的理科综合人才。
此外，还有7班是西藏班。 部分学院和班级需要选拔，如步青学院需要选拔数学成绩相对突出的学生。其他三个学院基本按照本人意向进入，部分也需要选拔。