长门之所以要杀自来也，是因为他们的立场和目标不同。长门认为要解决忍界的战乱，需要以暴制暴，而自来也则主张和平解决。长门利用轮回眼的能力创建了佩恩六道，成为了晓组织的首领，开始收集尾兽。自来也为了调查晓组织头目的真相，来到了雨忍村，发现了佩恩是新的首领。两人在观点上产生分歧，导致了战斗。在战斗过程中，自来也的忍术被佩恩吸收，陷入了一对三的困境。最后，自来也在撤退过程中被佩恩打断手臂，喉咙被毁无法发声，尸体沉入大海。虽然长门对自来也有深厚的感情，但由于立场不同，他不得不杀掉自己的师傅以实现自己的梦想。