12399与12339的区别主要体现在以下方面：
1. 功能：12339是国家安全机关受理公民和组织举报电话，由国家安全部设立，方便公民和组织向国家安全机关举报间谍行为或线索。而12399是普通号码，不涉及国家安全，因此不会受理任何与间谍行为有关的举报。
2. 配置和功能：12339热线配置高，功能全，由专业的人服务。而12399作为公民和组织举报电话，配置低，功能不完善，大多情况下接不到电话举报。
需要注意的是，参考材料中的描述与12339和12399的功能无关，而是关于国家税收制度中的数字主权问题。