生物有氧呼吸的三个阶段反应式如下：
1. 糖酵解（第一阶段）：C6H12O6 + 2ATP + 2NAD+ → 2C3H4O3 + 2ATP + 2NADH + 2H2O。在这个阶段，葡萄糖在细胞质基质中分解成两个丙酮酸分子，同时产生两个ATP分子和两个NADH分子。
2. 三羧酸循环（第二阶段）：2C3H4O3 + 6H2O → 6CO2 + 20[H] + 6NADH + 6NADPH + 少量能量。在这个阶段，丙酮酸进入线粒体基质，与水分子一起参与三羧酸循环，生成二氧化碳、还原型辅酶和少量能量。
3. 氧化磷酸化（第三阶段）：24[H] + 6O2 → 12H2O + 大量能量。在这个阶段，前两阶段脱下的氢与氧气结合生成水，同时释放大量能量，主要用于合成ATP。
总的反应方程式：C6H12O6 + 6O2 → 6CO2 + 6H2O + 38ATP。有氧呼吸过程中，细胞将有机物质（通常是葡萄糖）代谢成二氧化碳和水，并释放出大量能量。