复制原点和启动子的区别主要在于它们的功能和位置：
1. 复制原点是在基因组上复制起始的一段序列，它是DNA复制的起点。复制原点处的A和T特别多，相对氢键少，不稳定，DNA容易解旋，因此就容易和引物结合，成为复制的起点。
2. 启动子是位于结构基因5＇端上游区的DNA序列，它能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地相结合并具有转录起始的特异性。启动子是基因的一个组成部分，控制基因表达的起始时间和表达的程度。
简而言之，复制原点是DNA复制开始的位点，而启动子是转录开始的位点。