在我的世界中，清除水方块的指令是：/fill x1 y1 z1 x2 y2 z2 air 0 replace water。这个指令会使用空气方块替换某个区域内的水方块，从而达到清除水的目的。需要注意的是，使用这个指令时，坐标要准确，以确保空气方块能够正确地替换水方块。此外，还可以使用海绵、干燥海绵或插件/mod等方法来快速清除水。