杀戮尖塔的自定义模式（Custom Mode）允许玩家自行制定需要的特效和各种选项，充分体验游戏乐趣。在自定义模式中，玩家可以选择无尽模式，进行无尽的爬塔，但每一轮游戏阶段结束后会获得荒疫。荒疫箱可以增大无尽模式的挑战。自定义模式的【终幕】选项，于对应角色在标准模式下打败一次心脏后解锁。进行一局每日挑战模式后解锁该模式。
自定义模式允许玩家选择任意数量的自定义特效，包括使用自定义种子、角色、和任意进阶等级。在自定义模式下会禁用成就，同时成绩不会被上传至排行榜。