海底小纵队的主要成员包括：
1. 巴克队长：北极熊，负责指挥和领导小队完成任务，是解读地图和图表的专家。
2. 呱唧：橘色小猫，有过海盗经历，性格豪放冲动，酷爱探险。
3. 皮医生：企鹅，小纵队的医生，会全力以赴救治海底受伤的小动物。
4. 谢灵通：海獭，小纵队里的科学家，博学多识，无所不知。
5. 达西西：腊肠狗，小纵队的摄影师，拍摄的影像会存入章鱼堡电脑系统。
6. 突突兔：绿色兔子，负责维护和保养小纵队成员的交通工具，爱吃萝卜。
7. 章教授：小飞象章鱼，酷爱读书，负责章鱼堡的联络工作。
此外，还有其他角色，如蒂洛、巴鲁、阿基拉、塔巴、塔卡、帕昆、拉库、苏克、阿瑟等。这些角色在不同版本的故事中出现，共同为保护海洋环境而努力。