拉卜楞寺的活佛众多，约近100人。其中最为著名的是嘉木样和“四大赛赤”活佛系统。嘉木样活佛系统包括五世，分别是：第一世嘉木样·阿旺宗哲、第二世嘉木样·久美旺波、第三世嘉木样·洛桑图旦久美嘉措、第四世嘉木样·格桑图旦旺秀和第五世嘉木样·丹白坚赞。此外，拉卜楞寺还有八大堪布，包括嘉木样、贡唐仓、萨木察仓、喜饶嘉措、昂旺却吉等。这些活佛在拉卜楞寺内都有自己的经堂和属民，并负责管理相应的宗教事务。