是的，花呗分期商家收到的是全款。花呗分期付款实际上是系统一次性扣除全款，用户分期还款。商家没有收到全额，那么用户是无法获得商品的。因此，花呗分期付款与全额付款后分期还款，本质上来说都是花呗分期还款，商家在收款时收到的都是全款。