是的，澳门签证三个月内只能去一次。港澳通行证的签注规定，每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。澳门签注有两种申请方式：3个月1次和1年1次。如果第一次去澳门，只能办一年一次的签注。去的次数变多了，可以改为三个月一次的签注。需要注意的是，商务签证和个人自由行旅游签证等其他类型的签证可能有不同的限制和要求，具体可以咨询当地出入境管理机构。