DNA排列顺序是指组成某一DNA分子的核苷酸（A，T，G，C）的排列次序。DNA呈现双螺旋结构，组成DNA的碱基有四种，包括腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（C）。DNA序列可以分为两大类：单一序列和重复序列。单一序列是指在基因组中这种核苷酸的排列次序只出现一次或只有一份拷贝；重复序列指某种核苷酸排列次序在基因组出现的次数或其拷贝数少则几份，十几份，多的可达几万份甚至几十万份。基因组中的基因排列有其基本特征，原核生物中基因组合的特点包括噬菌体基因组合特点和细菌、立克次体、支原体等的基因组特点。