在《口袋妖怪究极绿宝石》中，太古秘药的作用是帮助精灵进化和升级形态。具体用途如下：
1. 通讯进化：例如，当黏黏宝携带太古秘药时，可以通过通讯交换进化为裙儿小姐。
2. 升级形态：例如，御三家在第二个形态携带之后升级可以进化。注意，等级不能高于最终形态的等级。
使用太古秘药的方法如下：
1. 打开背包，找到太古秘药。
2. 将要进化的口袋妖怪放在第一位。
3. 点击太古秘药，然后点击使用即可。