DNA聚合酶识别位点的情况取决于生物类型。在原核生物中，启动子是聚合酶的结合位点。而在真核生物中，识别DNA的是转录因子（蛋白质）。合成rRNA和tRNA的聚合酶，一般等到转录因子与DNA结合后再识别转录因子。合成mRNA的聚合酶和转录因子先形成复合体，然后复合体就像原核生物的聚合酶那样识别DNA。
DNA聚合酶有六个结合位点：模板结合位点、引物结合位点、引物3′-OH结合位点、底物dNTP结合位点、5′→3′外切酶结合位点和5′→3′矫正位点。在真核生物中，DNA聚合酶识别和结合的位点是RNA聚合酶结合位点，其合成的产物是mRNA。