IDEA识别不到Java文件的原因可能是项目根目录出现问题。解决方法如下：
1. 打开项目结构，选择Modules，删除项目根目录。
2. 重新导入项目根目录：选择当前项目根目录。
3. 最后应用确定即可。
另外，如果问题仍然存在，可以尝试将目录标记为Source roots，告诉IntelliJ IDEA这个文件夹及其子文件夹中包含的源代码，可以编译为构建过程的一部分。