在《第二次超级机器人大战FC》中，玩家需要运用武器和敌机战斗，攻击方式分为远程攻击和近身攻击。攻击造成的伤害值取决于攻击机体自身攻击力、所用武器在对应地形的火力和被攻击机体的防御力。一次攻击的命中率取决于攻击机体的速度、所用武器的命中值和被攻击机体的速度。
此外，游戏中还有一些特殊地形，如沙地、山地、水面等，需要消耗陆型和海型机器人的格数。太空和室内基地则没有限制。机体在战斗中如果被四台敌机包围，就意味着它已经动弹不得，必须背水一战。
在恢复方面，玩家可以用修理机器人给受伤的机体进行恢复，也可以使用精神技能如“毅力”、“潜力”等来自救。此外，主舰和修理机在游戏中具有特殊作用，但攻防数据较弱，需要保护好。
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