持有日本三年多次往返签证可以免签入境以下国家：菲律宾（7天）、洪都拉斯（30天）、格鲁吉亚（6个月内不多于90天）。此外，还可以免签在新加坡和韩国停留过境（和美国签证的情况相同）。亚太地区、欧洲地区、北美地区的部分国家也可以免签，具体包括中国、韩国、越南、泰国、马来西亚、新加坡、印度尼西亚、汶莱、斯里兰卡、新西兰、库克群岛、东帝汶、斐济、密克罗尼西亚、纽埃、帕劳群岛、萨摩亚、图瓦卢、塞浦路斯、以色列、土耳其、阿联酋、吉尔吉斯斯坦、西欧东欧全部国家、美国、加拿大等。