尼塔库碳吉他特注内置和外置的主要区别在于结构设计和性能：
1. 结构设计：内置碳吉他将碳素纤维嵌入底板内部，使得碳素纤维能够更加紧密地与底板结合，从而提高底板的硬度和稳定性。而外置碳吉他则将碳素纤维直接粘贴在底板表面，可能会因为粘合不牢而掉落或磨损。
2. 性能：内置碳吉他的触球振动属于韧弹，振动区域大于外置碳吉他，而弹力又比外置碳吉他高。外置纤维的球速更快，但底劲不如内置纤维。内置碳吉他在吃球上表现更好。
需要注意的是，尼塔库碳吉他特注内置和外置的厚度有所不同，特注版的厚度在5.9-6.0左右，而市场版的厚度在5.5-5.6之间。此外，特注碳吉他的重量都比市场版轻。