大肠杆菌被选为工程菌的原因有以下几点：
1. 遗传背景清楚：大肠杆菌的遗传背景清楚，技术操作简单，培养条件简单，大规模发酵经济，倍受遗传工程专家的重视。
2. 高效表达：大肠杆菌是应用最广泛，最成功的表达体系，常做高效表达的首选体系。
3. 生长快、培养周期短、抗污染能力强：大肠杆菌易于培养，生长快，培养周期短，抗污染能力强，因此被美国FDA批准为安全的基因工程受体生物。
4. 表达系统成熟完善：大肠杆菌的表达系统成熟完善，可以更好地用于分子克隆实验。
需要注意的是，大肠杆菌作为工程菌也有一些缺点，如表达产物缺少饭以后的修饰，高表达时易折叠错误导致表达产物没有活性，而且大肠杆菌本身含有内毒素和有毒蛋白，可能混在产物里，应用受限。