广州地铁5号线上的公共厕所主要分布在以下车站：滘口、坦尾、五羊邨、车陂南、鱼珠、区庄站、太和站、楼村站、科韵路站、员岗站、华师站、岗顶站、石牌桥站、五山站和天河客运站。
其中，滘口、坦尾、五羊邨、车陂南、鱼珠等车站的厕所设施包括男、女、残障三个厕所，男女厕所与车陂南站厕所规格相当。
此外，广州地铁5号线的车辆基地是鱼珠车辆段和双岗停车场，其中，双岗停车场将配合线路东延段一同建设。