是的，亚甲基蓝会破坏硝化系统。
亚甲基蓝是氧化剂，可以将亚硝酸盐氧化为硝酸盐，也可以抑制并杀死细菌，包括硝化细菌。虽然亚甲基蓝对硝化细菌的影响不是很强，但在使用时需要注意不能放太多，以免对鱼缸里的硝化细菌造成过强的灭杀效果，影响鱼缸的正常运转。
长期使用亚甲基蓝可能会破坏鱼缸的硝化系统，导致水质变坏，从而影响鱼类健康。