获得目的基因的常用三种方法是：
1. 从基因文库中获取：将含有某种生物的许多基因片段，导入受体菌的群体中储存，各个受体菌分别含有这种生物不同的基因，称为基因文库。当需要某一片段时，根据目的基因的有关信息，如根据基因的核苷酸序列、基因的功能、基因在染色体上的位置、基因的转录产物，以及基因的表达产物蛋白质等特性来获取目的基因。
2. 化学合成法：已知目的基因的核苷酸序列，可用合成仪直接合成。
3. 聚酶链式反应（PCR）：已知目的基因引物的序列，将整个基因放入合成仪，因为只有当引物与模板结合后基因热聚合酶才能行使聚合功能，所以只有引物中间的目的基因被大量扩增，即被提取出来。