次甲基蓝和亚甲基蓝的区别主要体现在物质和用途上：
1. 物质不同：次甲基蓝是甲基蓝的代称，是一种芳香杂环化合物；亚甲基蓝是一种吩噻嗪盐，正电荷不稳定。
2. 用途不同：次甲基蓝被用作生物染色剂，用于动物组织学中原生动物活体、细菌、神经细胞的染色，也用作医用消毒剂；亚甲基蓝广泛应用于化学指示剂、染料、生物染色剂和药物等方面。