酵母菌的细胞器包括细胞壁、细胞质膜、细胞核、细胞质及内含物。其中，细胞壁的组分含葡聚糖、甘露聚糖、蛋白质及脂类，啤酒酵母还含几丁质。
细胞核具有核膜、核仁和染色体，核膜上有大量小孔。细胞质中含有大量RNA、核糖体、中心体、线粒体、中心染色体、高尔基体、内质网膜、液泡等。
线粒体呈球状或杆状，位于核膜和中心体的表面，含脂和呼吸酶系统，执行呼吸功能。中心体附着在核膜上，中心染色质附着在中心体上，有一部分附着在核膜上。
此外，酵母菌的细胞器还包括内质网、高尔基体、中心体、线粒体和核糖体等。