黄酮类化合物的水溶性大小受到多种因素影响：
1. 游离苷元：通常难溶于或不溶于水，易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、乙醚等有机溶剂及稀碱水溶液中。平面性强的分子如黄酮、黄酮醇、查耳酮等，因分子与分子间排列紧密，分子间引力较大，而难溶于水；如二氢黄酮、二氢黄酮醇等非平面分子，分子与分子间排列不紧密，分子间引力降低，有利于水分子进入，溶解度稍大。
2. 花青素（花色苷元）：虽也是平面结构，但因以离子形式存在，具有盐的通性，故亲水性较大，溶解度大。
3. 羟基糖苷化：黄酮类化合物的羟基糖苷化后，水溶度即相应加大，而在有机溶剂中的溶解度则相应减小。糖链越长，水溶度越大；苷元相同时糖分子越多，水溶度越大。
4. 糖结合位置：糖结合位置不同，对苷的水溶度也有影响。例如，棉黄素（3，5，7，8，3′，4′-六羟基黄酮），其 3-O-葡萄糖苷的水溶度＞7-O-葡萄糖苷。