小米升级后私密文件不见了可能是由以下原因导致的：
1. 清除缓存：升级过程中可能会清除缓存，导致私密文件被删除。
2. 内容太多：如果私密文件内容较多，可能会被系统隐藏，导致找不到。
3. 系统私密源文件被删除：升级过程中可能会导致系统私密源文件被删除。
你可以尝试以下方法来恢复私密文件：
1. 检查相册和文件管理器：在相册里下拉进入私密相册查看，或者在文件管理器里下拉查看私密文件。
2. 重新登录小米账号：如果没有备份到云端，更新后删除了数据，可以尝试重新登录你的小米账号。
3. 恢复系统：进入小米官网，找到恢复系统(前提是开启同步)，针对短信、照片、音乐、便签进行恢复。
4. 使用恢复软件：去一些网站上下载安卓恢复文件的软件进行恢复。
需要注意的是，更新不会删除私密的东西，刷机不备份才有可能删除。