近代形而上学唯物主义的缺陷主要表现为以下三个方面：
1. 机械性：近代形而上学唯物主义用力学的观点解释一切自然现象和人类生活现象，看不到不同自然现象之间以及人类生活同自然现象之间运动规律的重要区别。
2. 形而上学性：近代形而上学唯物主义不能把自然现象理解为一个过程，把自然运动看作是周而复始的运动；没有把历史理解为普遍联系的运动过程，而把历史理解为单个事件的汇集。
3. 不彻底性：旧唯物主义只是在自然领域坚持唯物主义思想，在社会领域中，他们仍然是以精神作为理论解释的逻辑出发点。
这些缺陷导致近代形而上学唯物主义在认识世界和解决问题时具有片面性和孤立性，缺乏辩证性的思考。