机动车合格证编号可以通过以下几种方式查询：
1. 车辆合格证：合格证编号记录在车辆合格证右上角第一栏处，用户可以直接查询。
2. 车管所网站：在车辆办理牌照登记时，车辆合格证需要上交给车管所存档，换发机动车登记证书。用户可以到车管所网站查询车辆的合格证编号。
3. 发动机号：车辆经销商会在车辆落户的车管所查询，可以通过比较出厂时的随车记录和行驶证上的发动机号是否一致，或者查看车辆登记时候的拓印来进行查询。
4. 交管12123：打开交管12123，然后在首页点击左上角的机动车进入。在机动车界面点击检验标志电子凭证进入。在检验合格凭证界面点击下方的合格标志号即可查看证书编号。