手机桌面亮度和应用亮度不一致的原因可能有以下几点：
1. 应用内设置了更高的亮度权限：有些应用会在屏幕的亮度权限外再设置自己的更高权限的屏幕亮度调佣权限，并且可能会按照自己的应用变化而产生屏幕亮度的变化现象。
2. 系统自动调整亮度：在智能省电和超级省电模式下，系统会针对部分应用场景，自动调整屏幕显示的亮度。
3. 手机温度过高：如果应用在运行中，手机温度过高的话，手机也会自动降低亮度来对来自手机进行降温。
4. 自动调节亮度功能：手机设置了自动调节亮度的设置，可以关闭该功能来解决亮度不一致的问题。