基因工程中常见的五种工具酶及作用如下：
1. 限制酶：可以识别并附着特定的脱氧核苷酸序列，并对每条链中特定部位的两个脱氧核糖核苷酸之间的磷酸二酯键进行切割。
2. 聚合酶：专门生物催化合成脱氧核糖核酸(DNA)和核糖核酸(RNA)的一类酶。
3. 连接酶：催化两种大型分子以一种新的化学键结合一起的酶，一般会涉及水解其中一个分子的团。
4. 修饰酶：能催化稀有碱基参入RNA或DNA，或对原有碱基进行修饰的酶。以防止限制性内切酶的破坏。
5. 核酸酶：能够将聚核苷酸链的磷酸二酯键切断的酶，核酸酶属于水解酶，作用于磷酸二酯键的P-O 位置。