百度网盘的转存文件数量限制如下：
1. 非会员：单次最多转存1000个文件，无法提示保存文件的总数目。
2. 会员：单次最多可转存3000个文件，并且对超过2000个以上的文件保存后提示文件总数目。
3. 超级会员：单次最多可转存50,000个文件，并且对超过2000个以上的文件保存后提示文件总数目。
如果转存文件数量超过限制，可以尝试开通百度网盘的会员或超级会员，或者通过少量多次地进行转存，每次不超过上限要求。